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预印本都去哪儿了?科研成果发布平台:生物预印本bioRxiv

2019-05-26 19:22:38

在生物学领域,文章即你的通行证。但发表一篇文章,至少也得三五月了。当你急需文章毕业或申请职位、基金时,一个不需要同行评审的预印本发行和存储服务——BioRxiv——或许能帮助你,并且该服务是免费的。

撰文 | 小隐

责编 | 兮

在生物学领域,文章即你的通行证。然而,文章的发表是一个耗时耗力耗心血的过程,从投稿—送审—收到修改意见—修回—接收,少说也得有3-5个月,这还是在一次性成功的情况下。更常见的是多次修回的,拒稿重投的,耗上个一年半载甚至数年也是常事(Nature论文修回的时间不限,修个两三年也是很常见的事情)。当你急需文章需要毕业或者申请职位或基金时,一个不需要同行评审的预印本发行和存储服务—BioRxiv(发音为bio-archive)或许能帮助你,并且该服务是免费的。

首先简单介绍一下BioRxiv: 它由非营利的研究和教育机构冷泉港实验室在2013年发起并运维,将其作为一种促进学术交流的方法,目前只接收英文手稿。由于不需要同行评审,所以耗时短。只要你的文章通过了攻击性和/或非科学性、剽窃抄袭等基本筛查即可发表。BioRxiv不是杂志,所以没有影响因子。当你将手稿提交到BioRxiv后,你可以收到同行的反馈意见。手稿可以在提交杂志之前或杂志评审阶段发布在BioRxiv上,但如果已被杂志接收,则不应发布。在期刊正式接受文章之前,作者可以随时通过点击作者区域内的“提交修订”来提交文章的修订版本。一旦发布到biorxiv上,文章就可以引用,因此无法删除。

BioRxiv有如下几点优势:1)可以尽早地公开自己的发现,当你的手稿在线发表在BioRxiv后,BioRxiv会显示发表时间,这可以避免以下尴尬:在这漫长的投稿-发表过程中,你的竞争者捷足先登,在杂志上发表了和你类似的发现,这可能会打乱你原来的发表计划,转投其他杂志,或者再补充新的数据超越前者。而BioRxiv因为其时效快,48小时内即可显示,可以作为先后顺序的证据,或引导你和竞争者背靠背发表。2)发表在BioRxiv上的文章也可以作为申请基金或者岗位的筹码,大多数研究资助者开始将预印本“合法化”。目前,英国医学研究理事会、NIH以及霍华德·休斯医学研究所都鼓励受资助者在基金申请书中引用预印本,而不只是经过同行评议的论文。陈和扎克伯格基金会(CZI)甚至要求受资助者在论文被提交给期刊的同时发表预印本。

作为当下生物领域最大的预印本发行服务,BioRxiv的流行度如何呢?哪个专业的文章发表最多呢?发表在BioRxiv上的文章最终发表在哪些杂志上了?这些文章的引用率和下载量如何呢?明尼苏达大学的Ran Blekhman和Richard J.Abdill就这些问题对2013-2018年11月的37,648篇文章进行了数据分析,他们发现发表在BioRxiv的文章量呈逐年逐月递增趋势(图1a),下载量也成递增趋势(图1b),同时选择发表在BioRxiv的作者数目也在增加(图1c)。其中2018年投稿数目为18,825,比之前四年的总合还多,这里面神经科学和生物信息学方向的文章数目和比重最高,分占一二席。单2018年10月就有2,000投稿量。下载量方面,单篇文章的下载量中位数是279,其中基因组学的单篇下载量中位数最高,为496,但由于神经科学文章量最多,使其在下载总量方面于2018年10月首次超过生物信息学。目前已有十万六千多作者在BioRxiv上投稿,2018年新增了84,000作者。这些数据都显示 BioRxiv越来越被认可。

图1. BioRxiv的累积投稿量、下载量及投稿作者数目。a)投稿量的整体趋势。b) 总下载量的整体趋势。c)每年向BioRxiv投稿的新增作者数及总作者数。

那么这些预印本手稿的发表情况如何呢?如果手稿已发表在杂志上,BioRxiv网站会在文章题目下方给出手稿发表杂志的链接,参照这一数据,迄今为止已有42%的文章被发表。其中进化生物学发表率最高,神经科学发表数目最多(图2)。不过这一统计结果有个小问题,因为有些预印本在发表过程中改变了名称,所以实际上这一数据更高,并且2017年以前上传的预印本发表率基本上在60%以上, 2018年的发表率约为20%,拉低了平均水平,但也可以理解,毕竟2018年新上传的手稿需要足够时间发表。

图2. 不同专业领域预印本发表的比例(b)和数目(c)

另一个大家比较关注的问题是:预印本都去哪儿了?发表在什么杂志上了呢?数据显示这些文章最终发表在1,531种不同杂志上,其中 Scientific Reports 发表了最多(828),其次是elife(750)和PLOS ONE(741)(图3)。虽然数目不多,还是有预印本发在高影响因子杂志上,如:至2018年11月,已有35篇文章发表在Cell上。那么这些文章的发表周期如何呢?作者统计了从预印本上传日期和杂志发表日期的时间间隔,发现发表周期中位数是5.5个月,75%的杂志能在8个月内发表,90%的杂志能在一年内发表,而最长记录是三年七个月。Nature Genetics的中位发表周期最长,约9个月;G3杂志最短,约4个月。

图3. 预印本的杂志发表情况:发表在Scientific Reports、elife、PLOS One杂志上的预印本数目最多

预印本的下载量可以表征该预印本的受关注程度。作者结合杂志影响因子和预印本下载量发现,高下载量的文章通常也发表在高影响因子杂志上,具有较高的正相关性(图4)。发表在Nature Methods和Nature Genetics杂志上的预印本单篇下载量最高,而PLOS ONE上单篇下载量最低。

图4. 发表在不同杂志上的预印本的单篇文章下载量。中间框显示杂志影响因子与其预印本中位下载量的关系。

最后作者安利了他们自己设计的Rxivist网站:https://rxivist.org/。其最大优势是帮读者筛选和过滤感兴趣的或最受关注的文章。基于Twitter转载量和总下载量了解兴趣领域近期(Twitter)或一段时间内(总下载量)最受关注的预印本。

怎么样?是否也打算将你未发表的手稿先发布在bioRxiv预印本上呢?

原文链接:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/515643v1

本文经授权转载自“BioArt”。

《返朴》,致力好科普。国际著名物理学家文小刚与生物学家颜宁联袂担任总编,与几十位学者组成的编委会一起,与你共同求索。关注《返朴》(微信号:fanpu2019)参与更多讨论。二次转载或合作请联系fanpu2019@outlook.com。

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